如果谈到软组织疼痛的问题，仅仅从功能解剖学层面就可以聊很久，其实所谓的软组织：是指人体的皮肤、皮下组织、肌肉、肌腱、韧带、关节囊、滑膜囊，神经、血管等。软组织是比较重要的一个人体组织。
红色：皮肤绿色：皮下组织蓝色：肌肉白色：肌腱如果从疼痛角度去分类，可以用：肌肉本身引发的疼痛非肌肉引发的疼痛来进行有效划分
肌肉本身引发的疼痛，无非就是病变或者受到伤害，无论哪种刺激都会让肌肉或肌筋膜的痛觉感受器直接受到刺激或发炎，这种刺激就是物理性刺激或化学性刺激。比如水肿就是物理性刺激
炎症反应就是化学性刺激（图片选自医学美图）
也可以完全由于肌肉的痛觉感受器发生周边敏感化，从而造成肌肉的疼痛。
如果肌肉本身出现病变，也会引发内部激痛点活化，而引起此肌肉之疼痛。先谈谈因为伤害而引发的肌肉疼痛：有时候感觉包括心灵的伤害也会引发肌肉的疼痛，这属于心理学范畴了，这里不做展开讨论。比如：机械性伤害
热伤害、电流伤害、放射性伤害、化学性伤害。其中机械性伤害包括肌肉本身受到外物撞击、施压、压榨、牵拉、扭转、穿刺、切割等造成的伤害。这些伤害除了意外，和患者的工作环境呈现相关性。这也是工作安全条例真不是简单挂墙上那么简单。还有喜欢运动的人群，如果肌肉本身过强、收缩不当、或长期连续收缩，都是可以造成肌肉伤害的。就像久坐、久站、久躺都是一个道理。总之保持一个长时间的姿势就可能出现各种肌肉问题。这些伤害可能会引发肌肉内出血或发炎而刺激肌肉的痛觉感受器，并导致疼痛。这些伤害都可以让肌肉痛觉感受器引起周边敏感化，而引起肌肉的疼痛。其他、由于温度变化而造成的伤害（如烧伤、烫伤、冻伤）、电流灼伤、放射治疗造成之灼伤、或化学物质的烧伤对于皮肤伤害更大，而较少会侵袭肌肉层面。
身体99%的组织都需要血液直接供给营养，但如果肌肉内的动脉血栓形成或严重到栓塞，引起缺血缺氧，造成炎性反应而刺激痛觉感受器，引起肌肉疼痛。如果是肌肉内静脉血栓形成，则会引起水肿，压力增高后刺激痛觉感受器，也可以引起肌肉疼痛。另一种情况是肌肉外界压力至一段时间，造成肌肉和肌肉之间的间隔压力过大，刺激痛觉感受器，也可以引起剧烈的肌肉疼痛。你会发现，只要任何可以触发痛觉感受器的条件一旦成熟，就会引发肌肉疼痛。而我们在于寻找这个条件，也就是引发肌肉受损的因子是什么。
肌肉内的细菌、寄生虫等感染，都会造成出血或发炎，或直接因为周围组织压力过大刺激痛觉感受器，引发疼痛
肌肉内原发性的肿瘤如：肌瘤（是一种由平滑肌及结缔组织组成的良性肿瘤，好发于30-50岁妇女，20岁以下少见，肌瘤多无或很少有症状。病因不清，多与女性性激素水平有关。为激素依赖性疾病，手术后容易复发）肌肉瘤（又称肌肉纤维瘤。多见于皮下，生长缓慢，一般较小、边缘清楚、表面光滑、质地较硬、可以推动。若混有其他成分，则成为纤维肌瘤、纤维腺瘤、纤维脂肪瘤等。纤维瘤、尤其是腹壁肌肉内的硬纤维瘤(desmoid)可恶变，应尽早手术完整切除）
血管瘤等，或转移的恶性肿瘤，都可以因为压力刺激痛觉感受器或肿瘤细胞直接侵袭痛觉感受器而引起疼痛。有些肌肉之免疫性病变，如多发性肌炎、中毒性肌病变、新陈代谢肌病变、内分泌异常肌病变、遗传性肌病变、都可以造成发炎或直接压力刺激痛觉感受器，引起肌肉疼痛。
痉挛一种症状，而非是一种疾病。它是一种自发性肌肉局部收缩的现象。这种现象与中枢神经所引起的肌张力痉挛不同。肌肉痉挛发生原因可能是肌肉局部病变，也可能是其他部位之病变所引起之反射现象。长期肌肉痉挛也可能引起局部循环障碍而是发炎更加严重。非肌肉组织引起的肌肉疼痛肌肉也以外的组织、器官的伤害和病变，都有可能引起中束敏感化，是某个肌肉的痛觉感受器变得敏感，也可是该肌肉之隐性激痛点活化为活性激痛点，而造成该肌肉的疼痛。
肌腱病变、腱鞘病变、滑囊病变、韧带病变、关节囊病变、筋膜病变、神经病变、血管病变都有可能引发激痛点活化而造成肌肉疼痛
骨骼病变、关节病变、脊椎小面关节病变、椎间盘病变都可以是激痛点活化而导致肌肉疼痛，但关节病变、脊椎小面关节病变、椎间盘病变都是关节周围滑膜或韧带上的痛觉感受器。
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